La métagénomique est une méthode d’analyse basée sur une technique de séquençage capable d’étudier le microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, levures) prédominant dans un milieu spécifique. On parle de microbiote intestinal mieux connu comme « flore intestinale », microbiote oral, cutanée, etc. La vraie cible de cette analyse est l’écosystème du microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des génomes présents dans n’importe quel échantillon ou dit microbiome.
Le résultat obtenu est l’abondance (une quantification relative) et la biodiversité des micro-organismes présents dans un échantillon précis. A savoir que plus de 95% des micro-organismes ne sont pas cultivables. Ainsi, pour la première fois nous sommes capables de connaitre la présence et la quantité relative de ces micro-organismes.
Deux méthodes analytiques peuvent être effectuées :
- 16S ARN (plus ciblée et la plus utilisée) : séquençage complet ou partiel de l’ARN ribosomique bactérien dans un échantillon ou la portion génomique correspondant à la carte d’identité de chaque famille et espèce bactérienne
- Shot Gun (fusil) : séquençage complet de l’ADN de tous micro-organismes présent dans un échantillon (virus, champignons, bactérie, parasites, levures)
Pour quoi faire ?
- Obtenir des indicateurs de bien-être animal, de bonne santé de l’intestin animal ou de bonne pratique zootechnique et d’élevage (lien avec les performances)
- Etudier une stratégie alimentaire, d’une pratique nutritionnelle (additif alimentaire, d’un aliment) et donner des recommandations plus fines
- Prévenir le portage des pathogènes et des maladies
Quels sont les avantages ?
- Prélèvement facile à réaliser : fientes, fèces, écouvillons, chiffonnettes sur animaux vivants, 200 µl de contenu intestinal pour les animaux euthanasiés
- Rapidité pour une analyse complexe : 3 semaines pour obtenir un résultat avec une valeur biologique très élevée
- Prix abordable
